Przede wszystkim chodzi tutaj o wewnętrzne rozliczenia, składanie do własnej JST cząstkowych rejestrów i cząstkowych deklaracji VAT-7, prowadzenie cząstkowych rejestrów sprzedaży i ewentualnie zakupów, aneksowanie umów, zmianę danych na wystawianych i otrzymywanych fakturach, zasady stosowania kas rejestrujących, obowiązek raportowania danych w formacie Jednolitego Pliku Kontrolnego, a także inne sprawy uznane za ważne przez daną JST. Powyższe ułatwi jednostkom organizacyjnym wykonywanie nowych obowiązków, do których do tej pory nie były zobligowane. Ponadto pozwoli samym JST uniknąć błędów w składanych deklaracjach VAT-7, dzięki czemu JST unikną składania w późniejszym terminie korekt złożonych deklaracji.
Geneza centralizacji:
- pierwszym krokiem do centralizacji VAT była wydana przez Naczelny Sąd Administracyjny w dniu 26 czerwca 2013 roku uchwała 7 sędziów. Mówiła ona, że w świetle art. 15 ust. 1 i 2 Ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535 ze zm.) jednostki budżetowe gminy nie są podatnikami podatku od towarów i usług (sygn. akt I FPS 1/13);
- utrzymano podmiotowość podatkową spółek komunalnych (nie podlegają więc one na razie centralizacji VAT);
- z uwagi na spore zamieszanie, w tym wątpliwości prawne, zwrócono się z pytaniem prejudycjalnym do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej;
- Trybunał w sprawie o sygn. C-276/14 przyjął, że gminne jednostki budżetowe będące przedmiotem postępowania głównego nie mogą być uznane za podatników podatku od wartości dodanej, ponieważ nie spełniają kryterium samodzielności przewidzianego w tym przepisie;
- w świetle uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 26 października 2015 roku (sygn. akt I FPS 4/15) nie tylko jednostki budżetowe, ale również samorządowe zakłady budżetowe nie są odrębnymi od jednostek samorządu terytorialnego podatnikami VAT;
- w związku z powyższym jednostki samorządu terytorialnego stoją w obliczu dużych zmian organizacyjnych i proceduralnych, a ich służby finansowo-księgowe zobligowane są do scentralizowania i usystematyzowania rozliczeń VAT w jednostkach organizacyjnych;
- ostateczny termin wdrożenia zmian i usystematyzowania pracy JST przypada na 1 stycznia 2017 roku.
W związku z centralizacja VAT organy prowadzące wymagają od szkół cząstkowych deklaracji VAT bez zaokrągleń z zł.i groszach.Czy Vulcan planuje zmiany w programie rejestr VAT żeby można było przekazywać deklarację bez potrzeby jej edytowania i ręcznego poprawiania